巴赫的长笛奏鸣曲，根据斯密德《巴赫作品总目录 (BWV)》的记录，共有八首，它们分别是：三首《长笛与大键琴奏鸣曲》BWV 1030-1032、三首《长笛与数字低音奏鸣曲》BWV 1033-1035、《C小调长笛独奏组曲》BWV 1013、《为双长笛与数字低音而作的奏鸣曲》BWV 1039。这八首中的BWV 1031和1033两首，现在的研究结果怀疑是伪作。

三首《长笛与大键琴奏鸣曲》Sonatas for Flute and Harpsichord BWV 1030-1032 大约作于1720年，克滕，可能是为当时德累斯顿著名的长笛演奏家布法尔丁（Pierre Gabriel Buffardin, 1689-1768）而作，巴赫的长笛奏鸣曲，基本是协奏曲形态，即由三个乐章构成。

第一号，b小调 BWV 1030 ，三个乐章是：

1. 行板，其长笛展示的第一主题是巴赫表哥J.B.巴赫（Johann Beenhard Bach, 1676-1749）《G小调管弦乐组曲》的赋格主题。

2. 温柔的最慢板，各段分别反复的二段体，长笛主旋律有丰富的装饰和巧妙处理的减七和弦。

3. 急板，此乐章由前半部的急板与后半部的快板两段构成，急板部分为三声部赋格曲，快板部分是吉格舞曲节奏。

第二号，降E大调 BWV 1031 ，这一首现在认为可能不是巴赫的作品，研究者认为，此曲在整体技术上缺少巴赫复音音乐的严密性，未充分利用长笛的高音区，在终乐章中出现巴赫作品中不曾有过的近于十八世纪后期奏鸣曲的方式，风格最不像出于巴赫之手。研究者认为，此曲可能是十八世纪后期的作品，作曲者最大可能是巴赫的儿子或弟子。全曲三个乐章是：

1. 中庸的快板，总奏主题由大键琴呈示，主奏主题由长笛呈示，如协奏曲般交替。

2. 西西里舞曲，类似C.F.E.巴赫的多愁善感风格。以唯一主题的三段体作成。

3. 快板，前半部和后半部分别反复的二段体。

第三号，A大调 BWV 1032 ，三个乐章是：

1. 活泼的快板，这个乐章的后半部遗失，乃由后人所修订。

2. 温柔的最慢板。

3. 活泼的快板。

三首《长笛与数字低音奏鸣曲》Sonatas for Flute and Basso Continuo BWV 1033-1035 ，大约作于1717-1720年，克滕。在巴赫的年代，数字低音是指低音旋律乐器（大键琴、古大提琴等）的同时演奏，现在一般都只用大键琴来替代，但从声部数来看，实际这一套作品是三声部奏鸣曲。

第一号，C大调 BWV 1033 ，在《新巴赫全集》NBAVI3 中；这一首没有收入，怀疑是伪作，具体情况不详。共四个乐章：

1. 行板—急板。

2. 快板，像是圆滑奏方式供快速练习用的练习曲，和声则非常单纯。

3. 慢板，抒情风格。

4. 小步舞曲前半、后半由双小步舞曲构成。这一首作品有浓厚的舞曲风格。

第二号，E小调 BWV 1034 ，共四个乐章：

1. 不太慢的慢板，和声趣味重于旋律趣味。

2. 快板，非常自由的长笛与数字低音之间展开的二声部赋格曲。

3. 行板，在自由的小步舞曲节奏上呈示优美的旋律。

4. 快板，充满活力的舞曲风格。

第三号，E大调 BWV 1035 ，四个乐章是：

1. 不太慢的慢板。

2. 快板，前后部分分别反复的二段体。

3. 西西里舞曲，也是前后部分分别反复的二段体，二声部间的应答非常迷人。

4. 较快的快板，舞曲风格也是前后部分别反复的二段体。

《a小调长笛独奏组曲》Partita for solo Flute BWV 1013 ，大约作于1722-1723年，克滕，共四个乐章：

1. 阿列曼德舞曲，开始部分十六分音符分散和弦的不断律动，演奏有相当的难度。

2. 库朗舞曲，快速，明朗而又雄健的风格。

3. 萨拉班德舞曲，抒情而徐缓。

4. 英国布列舞曲。

《G大调双长笛与数字低音奏鸣曲》Sonata for Double Flute and Basso Continuo BWV 1039 ，大约作于1720年前后，克滕，共四个乐章：

1. 慢板，由第二长笛首先吹出优美的开头旋律，两段体。

2. 不太快的快板，赋格曲。

3. 微弱的慢板。

4. 急板。

这首《西西里舞曲》Siciliano 是《第二长笛与大键琴奏鸣曲》Flute Sonata No.2 BWV 1030 的第二乐章，g小调，6/8拍，朴素的行板。由肯普夫（Kempff）等人改编而成钢琴独奏曲。